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加工贸易最重要的包含进料加工、三来一补等贸易方式。是国际上通用的一种贸易方式。20多年来，加工贸易为我国充分的利用国内、国外两种资源和两个市场，繁荣我国对外贸易发挥了及其重要的作用。然而，在当前的经济环境下加工贸易不适度发展带来一系列问题也已很突出，在某些特定的程度上影响了我国市场经济的正常发展。认真剖析当前加工贸易发展中存在的问题，并采取对应对策，应是当前我国对外贸易工作中的一项重要工作。
在改革开放初期，由于国内经济体制不合理、企业管理上的水准不高、企业技术设备能力不强等因素影响，导致许多企业设备闲置。在这一时期，加工贸易的发展对于我国充分得用国内外两种资源、开拓国内外市场、扩大就业、引进先进的技术和管理经验等都起到了及其重要的作用。然而，随着加工贸易过度的发展，加之我们的宏观调控措施不到位，加工贸易暴露出的问题也日益严重，具体表现在以下方面。
一是冲击国内传统支柱行业及相关农业。加工贸易是两头在外的贸易方式，对国内相关原料工业必然带来负面影响。这几年我国的棉花种植业、纺织业、石油工业、钢铁工业都曾大面积地受到冲击。
二是加工贸易渠道走私严重，扰乱正常的对外经济贸易秩序，冲击国内市场，造成国家税款大量流失。由于与海上走私和闯关走私相比，加工贸易走私更具隐蔽性。这几年利用加工贸易渠道走私的情况呈一直上升的势头。
三是增大贸易摩擦，影响扩大出口和出口创汇。目前，加工贸易已成为造成我国与发达国家产生摩擦的重要的因素之一。这里面主要有三个原因：（一）是按照国际原产地的统计原则，加工贸易大量为其他几个国家和地区加工的产品被外商再出口后，扩大了统计上我国与发达国家之间的贸易不平衡，增加了贸易摩擦，对我扩大外贸出口极为不利。（二）是据海关统计我国加工贸易进口料件和出口成品约70%是通过香港成交由香港转口的。香港通过对料件和成品的两头作价，不仅使我国大量的出口利润被香港赚取，而且我国出口货物在香港的增加值也被美欧等国家统计为中国进口，势必扩大其来自中国的进口额和对我国的贸易逆差，加剧双边贸易摩擦和对我国市场准入的压力。（三）是我国加工贸易出口产品集中在机电、服装、纺织以及鞋类等一些轻工产品方面，这一些产品大多与我国的一般贸易出口产品冲突，加工贸易出口的增长势必影响我们国家一般贸易的出口。
四是竞相降低加工费，导致加工贸易企业利润大幅度地下跌，进而减少整个国家的出口创汇。由于我国的加工贸易大多分布在在几个有限的劳动力密集型行业，本身劳动力密集型加工贸易企业产品的增值就很低，国内许多企业在国内需求市场疲软的情况下，为了从加工贸易中分得一杯羹，纷纷降低加工费以争夺国外客户。如此，国内加工贸易企业不计成本的自相竞争，使加工贸易企业陷入了加工贸易业务量增长，利润却大幅度地下跌的恶性循环，最终使用大多加工贸易企业在微利状态下运转，而另外一些加工贸易企业慢慢走上亏损、破产之路。同时，国家的外汇收入也无法与加工贸易出口值的迅速增加，同步增长。
五是加工贸易政策的过多优惠，加剧了同一般贸易方式的冲突，使从事一般贸易的企业陷入不公平的对外贸易竞争环境中。加工贸易优惠大多分布在在“税”和“证”两方面。加工贸易进口原料除国家有政策限制的外，大多保税和免进口配额、许可证等。既使企业加工成品内销补税，也至少可获得长达一年的缓税利益。而一般贸易企业却无此优惠。目前，国内许多原从事一般贸易的企业特别是国有大中型企业也纷纷转向加工贸易，这显然将严重损害我国的对外贸易利益和国家的整体利益。
六是带来新的就业问题。客观上说，加工贸易在开展初期的确为扩大我国劳动力就业发挥了及其重要的作用。但是具体到我国目前的真实的情况，加工贸易带来新的就业机会的同时，也导致许多基础工业的工人失业，使加工贸易解决就业问题大打折扣。
尽管目前加工贸易存在上述严重的问题，但加工贸易仍不失对外贸易的一种重要方式。我们应该做的工作是要正视存在的问题，采取对应的对策，使加工贸易在合理的范围内健康发展，进而促进我国的经济发展。笔者以为，针对上述六个问题，我们应采取以下措施。
一是国家应出台有关的宏观调控政策和措施，对日益膨胀的加工贸易规模予以控制，保护国内受冲击的行业，减少对外贸易摩擦，扶持一般贸易发展。具体的说可以从三个方面入手：其一，组织专家研究加工贸易在我国对外贸易中所占的合理比重，进而出台政策对加工贸易集中的行业、公司进行控制。其二，鼓励加工贸易企业采用国内原料，替代进口原料，扶持国内原料工业。其三，改变目前的加工贸易保税管理模式，借鉴美国和欧盟等发达国家对加工贸易管理的方式，改进口“全额保税”为“退税加工”。
二是提高加工贸易附加值，增强加工贸易的创汇能力。一方面带领企业从开展劳动密集型的加工贸易，转向技术上的含金量高、附加值高的加工贸易，另一方面要扩大加工贸易的直接贸易，减少由香港转口，将由香港转口产生的差价纳入我们自己的收益。
三是转移原产国别，减少对外贸易摩擦。针对我国与美国和欧盟贸易顺差较大的问题，可优先考虑引导我国从事劳动密集型的加工贸易企业适当地转移到比我们国家的经济发展水平低的国家和地区。
四是严厉打击加工贸易走私违规活动，维护健康的对外贸易秩序，保护国内市场和企业。针对加工贸易渠道走私日趋严重的情况，一方面，国家应完善立法和执法，另一方面，严厉打击加工贸易走私违规活动，堵塞加工贸易走私的渠道。只有从严打击加工贸易走私活动，才能切实维护正常的对外贸易秩序，防止加工贸易走私冲击国内公司制作和国内关系到国计民生的一些重要产品。
